V rámci celního řízení dochází ke zpracování velkého množství dat ve značně komplikovaném procesu. Tento proces navíc podléhá v rámci sjednoceného evropského prostoru dvojí legislativě - národní a evropské. Jednotlivé členské země Evropského společenství disponují vlastními řešeními celní problematiky, nicméně tato řešení jsou vzájemně propojena a koordinována v rámci jednoho z největších celoevropských informatických projektů zastřešeného Evropskou komisí.

Řešení celní problematiky je nejvýznamnější odborností Aquasoftu. Systémy vybudované pro Celní správu České republiky patří k nejspolehlivějším a nejlépe hodnoceným v rámci celého evropského projektu. V rámci celního řízení probíhá přes 90 % veškeré výměny informací výhradně elektronickou cestou. Díky hluboké znalosti problematiky i legislativy a velmi kvalitnímu technologickému návrhu dokážeme implementovat systémy s mezinárodní působností v nadstandardní kvalitě.